冈本吉起当时统括负责CAPCOM社内的开发事务,他一直提倡维持TV游戏业界的势力平衡,主导CAPCOM与任天堂和世嘉等非主流势力的紧密合作,为此还牵头由CAPCOM、任天堂和世嘉三社联合出资成立了主要从事游戏剧本编撰工作的会社FLAGSHIP,他自己亲自担任社长。冈本和CAPCOM社内许多员工不但是宫本茂崇拜者,同时也是《塞尔达传说》系列的狂热拥趸,99年3月宫本茂造访大阪CAPCOM本社时引起了程序员们的一阵骚动,有人甚至放言:“只要能和宫本大师一起合作,即使游戏赔了本也在所不惜!”夏末秋初的NINTENDO SPACE WORLD1999,在会场首次披露了由FLAGSHIP负责脚本、CAPCOM担当实际开发的GBC版《塞尔达传说 不可思议的果实-力之章》的游戏画面,这仅仅是可以通过交换通关密码相互联动的三部曲作品的第一章,还有《智慧之章》以及《勇气之章》会紧随其后发卖。这个破天荒大合作引起了业界广泛注目,冈本吉起在接受记者采访时表示:“在游戏标题中加入‘不可思议的果实’是为了纪念这个原本意想不到的梦幻合作,玩家一定会从CAPCOM的努力中体验到独特风味的塞尔达传说。”但是这个合作计划比预定大大延迟,直到一年半以后才改以《大地之章》和《时空之章》两部同时发售,计划变更的原因是原先三部曲的互动构想造成了技术可行性上的极大困难,最后在宫本茂提议下对整个开发计划进行了全面调整。
2000年9月举办的NINTENDO SPACE WORLD2000上,任天堂首次披露了NGC版《塞尔达传说》的DEMO画面,那是一段成年后的林克同魔王加洛在殿堂对决的场景,英气逼人的七头身林克的形象和近乎完美的贴图品质让在场的塞尔达FANS无不欢声雀跃。的确,伴随着塞尔达成长的一代人已经长大,他们非常期待能看到真实比例的林克活跃在游戏舞台上,任天堂此刻所展现的一切无疑就是他们的梦想和憧憬。虽然任天堂并在会展上并没有正式确认那段DEMO就是游戏实际开发画面,但宫本茂在现场发表NGC主机游戏完全可以达到同等品质的宣言让所有的人确信无疑。不到一分钟时间的影像通过网络和媒体迅速传遍世界各地,随之而来的是玩家对NGC主机未来的无限期待。NINTENDO SPACE WORLD2000以后,NGC版《塞尔达传说》的官方消息犹如石沉大海,惟有谣言和猜测四处拨弄着狂热玩家的心弦,即使在2001年的美国E3大展中,任天堂还是没有正式发表《塞尔达传说》,宫本茂仅在展后的记者独家访谈中隐约透露真正的制品版将会和现在玩家想象中的完全不同。
“我非常不理解任天堂的想法,既然他一直宣称NGC将是一台适合所有年龄层玩家的游戏主机,为什么还执意要推出这种形态的撒尔达传说呢?!”—日本著名游戏BBS GAME 2CH的某论坛访客
NINTENDO SPACE WORLD2001是任天堂最后一次在千叶幕张独力举办的游戏展会,首次正式发表的NGC版《塞尔达传说》几乎让所有初次目睹的人都产生了巨大的心理落差,代替先前传统写实CG贴图技术的是采用Cel-shaded技术(卡通渲染化技术、也称2.5D技术)的三头身Q版卡通画面,长着一对猫目的林克形象显得非常幼小稚嫩。从现场影像的完成度判断,这部正式命名为《塞尔达传说-风之杖》的作品至少已经开发了一年以上,或许之前那段影像不过是任天堂用来迷惑竞争对手的道具,许多玩家感到非常愤怒,抗议的呼声通过E-MAIL和书信潮水般涌到任天堂在日本和美国的总部, 在各大相关BBS也充斥着饱含诅咒字句的发泄之词,一向稳坐钓鱼台的任天堂也感到不知所措,急忙对外发布真实比例版本的塞尔达传说也同时开发中的消息来平息众怒,宫本茂也正式向玩家发表了改变开发方针的原委:“一年前,我们很认真的制作你们在SPACE WORLD2000上所看到的《塞尔达传说》版本,但之后我却开始怀疑新的塞尔达传说中林克的理想年龄是几岁,成长的林克难道真的是我想要追求的吗?你们应该知道一个产品获得狂热的评价而变成一个名作,然后下一年就会出现许多类似的游戏来追随这个形势。看看电影、看看日本的卡通,他们都只是追随一个类似的趋势,而且一般大众从来不能分辨它们,这正是我们最担心的地方,于是我想做的是制作比别人更好的游戏而且不能忽视某些不同东西的重要性。”
2002年12月13日,《塞尔达传说-风之杖》终于在日本本土率先发售,《FAMI通》再次给予了40分满分的至高评价,这是128位主机时代出现的首款满分游戏,《塞尔达传说》也成为游戏史上第一个连续蝉联满分的游戏系列。任天堂对《塞尔达传说-风之杖》寄予了厚望,首批出货达到了75万份,但是出货情况并没有预想中火暴,截止12月末的消化率仅达到80%左右,面临年终决算压力的小卖业者不得不开始低价格抛售。而次年春在欧美地区相继发售的《塞尔达传说-风之杖》虽然销售情况不俗,但在PS2《GTA-VC》等大作层层阻截面前也无力再现当初《塞尔达传说-时之洋笛》发售时所向披靡的风光景象,该游戏目前的全球销量为307万份(日本国内约80万份),仅相当于《时之洋笛》的不到一半。不过《塞尔达传说》系列在玩家心目中的影响力却并没有丝毫减弱,在2003年5月由美国Entertainment Weekly和TV GAME专门频道G4联合针对玩家对历代100款TV游戏名作进行投票结果获悉,《塞尔达传说》以遥遥领先的高得票率位居榜首。此后不久《塞尔达传说-风之杖》又获得了专业媒体GAMESPOT评选的Best Artistic Achievement in a Game(最佳艺术成就)、Best Action Adventure Game(最佳动作冒险)、Best GameCube Game(最佳GC游戏)、GameSpot's 2003 Game of the Year(年度最佳游戏)四项年度大奖,GAMEFAQS等其他媒体和网站也争相给予《风之杖》各种褒奖。